Antes de la elección de Baja California, el PRI controlaba todas las gubernaturas estatales. La elección del 2 de julio de 1989 rompió esa unanimidad. Ernesto Ruffo ganó por aproximadamente 41 mil votos. Su victoria produjo la primera alternancia reconocida en una gubernatura después de seis décadas. Su administración se convirtió en una prueba temprana de gobierno plural, autonomía estatal y reformas, aunque también enfrentó violencia del crimen organizado y disputas institucionales.
La elección se realizó en el contexto de las reformas del gobierno de Carlos Salinas de Gortari. Ruffo contó con el apoyo del Partido Acción Nacional (PAN) y amplias redes ciudadanas que habían participado en la campaña municipal de 1986 en Ensenada.
Interpretación democrática: Los votantes rompieron el monopolio del PRI y establecieron un precedente visible para la alternancia electoral.
Interpretación alternativa: Algunos observadores contemporáneos argumentaron que el presidente Carlos Salinas de Gortari aceptó una victoria opositora en parte para fortalecer la legitimidad de su agenda de reformas y evitar el costo de otra elección disputada.
Ernesto Ruffo Appel tomó posesión como gobernador de Baja California el 1 de noviembre de 1989 y gobernó hasta 1995. Su administración operó dentro de un sistema donde el poder federal seguía siendo ampliamente priista, probando los límites del federalismo mexicano.